春秋末年，巴城屬吳國(guó)管轄，位于都城姑蘇的東部。
昆山行政區(qū)劃新石器時(shí)期，昆山地方已有人類活動(dòng)。
夏、商時(shí)期，地屬揚(yáng)州。
周時(shí)地稱婁邑（見載于清代《昆山縣志》），屬吳國(guó)。
戰(zhàn)國(guó)吳王夫差二十三年（前473年），越滅吳，地屬越國(guó)。楚威王（前339年-前329年）滅越，地屬楚國(guó)。
公元前221年，秦統(tǒng)一中國(guó)，實(shí)行郡縣制，置疁縣，屬會(huì)稽郡—— 公元前223年，秦滅楚后在吳、越故地置會(huì)稽郡，以吳縣（今蘇州市區(qū)）為郡治（首府）。
公元前207年，西漢改疁縣為婁縣。
西漢高祖六年（前201年），婁縣屬荊國(guó)。高祖十一年（前196年），荊國(guó)除，婁縣屬會(huì)稽郡。高祖十二年（前195年），立劉濞為吳王，治荊國(guó)舊地，婁縣屬吳國(guó)。景帝四年（前153年），吳國(guó)廢，立劉非為江都王，治吳國(guó)舊地，婁縣屬江都國(guó)（見《漢書》、《史記》、《晉書》）。武帝元狩二年（前121年），江都國(guó)廢，婁縣屬會(huì)稽郡。王莽始建國(guó)年間（公元9-13年），婁縣更名婁治，屬會(huì)稽郡。
東漢建武十一年（35年），復(fù)名婁縣，仍屬會(huì)稽郡。永建四年（129年），分會(huì)稽郡置吳郡，婁縣屬吳郡。
三國(guó)、晉、南朝宋齊，婁縣屬吳郡。
南梁天監(jiān)六年（507年），分吳郡設(shè)信義郡，分婁縣置信義縣，屬信義郡，余下的婁縣仍屬吳郡。
南梁大同三年（536年），婁縣改名昆山縣，改屬信義郡，昆山縣范圍大致與秦疁縣相同。
隋文帝重新統(tǒng)一中國(guó)后，開皇九年（5***），廢信義郡、信義縣、昆山縣，兩縣地歸蘇州（此時(shí)蘇州已得名）。開皇十八年（598年），復(fù)置昆山縣，屬蘇州。大業(yè)元年（605年），蘇州改為吳州；大業(yè)三年（607年），吳州改為吳郡，昆山均為屬縣。
唐武德四年（621年），吳郡改為蘇州；天寶元年（742年），蘇州復(fù)為吳郡；乾元元年（758年），復(fù)改吳郡為蘇州，昆山均為屬縣。期間天寶十年（751年）分昆山縣南部、嘉興縣東部、海鹽縣東北部置華亭縣（后松江、上海）。
五代后梁開平元年（907年），封錢镠為吳越王，昆山屬吳越國(guó)蘇州。
后唐同光二年（924年），吳越置中吳軍治蘇州，昆山屬蘇州。
北宋太平興國(guó)三年（978年），吳越國(guó)除，改蘇州為平江軍，昆山屬平江軍。政和三年（1113年），升平江軍為平江府，昆山屬平江府。
南宋嘉定十年十二月（1218年1月），析兩浙西路平江府昆山縣東部春申鄉(xiāng)、臨江鄉(xiāng)、安亭鄉(xiāng)、平樂鄉(xiāng)、醋塘鄉(xiāng)共5鄉(xiāng)，置嘉定縣（以年號(hào)為名）。
元至元十三年（1276年），升平江府為平江路，昆山屬平江路。元貞元年（1295年）因戶口增多，升昆山縣為昆山州，仍屬江浙行省平江路。至正十六年（1356年），張士誠(chéng)取平江路，改稱隆平府，昆山縣屬隆平府。次年，張士誠(chéng)降元，隆平府復(fù)為平江路，昆山州屬平江路。至正二十七年（1367年），平江路改為蘇州府，昆山州屬蘇州府。
明洪武二年（1369年），降昆山州為縣，仍屬蘇州府。
明弘治十年（1497年），析昆山新安、惠安、湖川3鄉(xiāng)建太倉州。余下的昆山縣仍屬蘇州府管轄（其范圍已與今昆山市基本吻合）。
清雍正三年（1725年），分昆山縣西北部置新陽縣，兩縣同城分治。咸豐十年（1860年）四月，太平天國(guó)忠王李秀成部將江南文將帥李文炳取昆山、新陽兩縣，為避南王馮云山諱，改昆山名昆珊，兩縣同屬太平天國(guó)蘇福省。同治二年（1864年）四月，太平軍退走，復(fù)名昆山，與新陽縣同屬蘇州府。
中華民國(guó)元年（1912年），昆山、新陽兩縣合并，仍名昆山縣，屬江蘇省上海道。民國(guó)3年6月，省改設(shè)5道，昆山屬蘇常道。民國(guó)16年廢道，直屬江蘇省。民國(guó)22年，省設(shè)13個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬第三區(qū)行政督察專員公署。同年12月，省改設(shè)9個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬無錫區(qū)督察專員公署。民國(guó)24年9月，省改設(shè)10個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬第二區(qū)行政督察專員公署。民國(guó)26年11月15日，日軍占領(lǐng)昆山。民國(guó)27年5月，直屬日偽江蘇省政府。民國(guó)29年3月，汪偽國(guó)民政府在南京成立，昆山直屬偽江蘇省政府。民國(guó)34年8月，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利，***倒臺(tái)。34年9月，昆山屬江蘇省江南行署。34年10月，省撤江南行署，建第二區(qū)行政督察專員公署，昆山為屬縣。民國(guó)37年4月，省改設(shè)9個(gè)行政督察區(qū)，昆山隸屬不變。
1949年5月13日昆山解放，屬華東軍政委員會(huì)蘇南蘇州行政區(qū)專員專署。1950年10月14日，蘇南蘇州行政區(qū)專員公署改稱蘇南人民行政公署蘇州專員公署，昆山屬蘇州專員公署。1953年1月1日，江蘇省人民政府成立，昆山屬江蘇省蘇州專員公署。1968年3月26日，蘇州專員公署改稱蘇州專區(qū)革命委員會(huì)，1971年4月13日更名蘇州地區(qū)革命委員會(huì)，1978年7月改為蘇州地區(qū)行政公署，昆山均為屬縣。1983年1月18日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)江蘇省實(shí)行市管縣新體制，3月1日撤蘇州地區(qū)行政公署，昆山縣屬蘇州市。*****國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)昆山撤縣建市。
2011年，昆山市被列入江蘇省省直管縣（市）試點(diǎn)，江蘇省委省政府以及省直有關(guān)單位直接管理昆山絕大部分事務(wù)，但是行政區(qū)劃依舊隸屬于蘇州市，昆山市的干部仍然屬于蘇州市管理。
清雍正二年（1724年），分昆山縣置新陽縣，兩縣同城分治。咸豐十年（1860年）四月，太平天國(guó)忠王李秀成部將江南文將帥李文炳取昆山、新陽兩縣，改昆山名昆珊，兩縣同屬太平天國(guó)蘇福省。同治二年（1863年）四月，太平軍退走，復(fù)名昆山，與新陽縣同屬蘇州府。
中華民國(guó)元年（1912年），昆山、新陽兩縣合并，仍名昆山縣，屬江蘇省上海道。民國(guó)3年6月，省改設(shè)5道，昆山屬蘇常道。民國(guó)16年廢道，直屬江蘇省。民國(guó)22年，省設(shè)13個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬第三區(qū)行政督察專員公署。同年12月，省改設(shè)9個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬無錫區(qū)督察專員公署。民國(guó)24年9月，省改設(shè)10個(gè)行政督察區(qū)，昆山屬第二區(qū)行政督察專員公署。民國(guó)26年11月15日，日軍占領(lǐng)昆山。次年5月，直屬日偽江蘇省政府。民國(guó)29年3月，汪偽國(guó)民政府在南京成立，昆山直屬偽江蘇省政府。民國(guó)34年8月，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利，***倒臺(tái)。9月，昆山屬江蘇省江南行署。10月，省撤江南行署，建第二區(qū)行政督察專員公署，昆山為屬縣。民國(guó)37年4月，省改設(shè)9個(gè)行政督察區(qū)，昆山隸屬不變。
1949年5月13日昆山解放，屬華東軍政委員會(huì)蘇南蘇州行政區(qū)專員專署。1950年10月14日，蘇南蘇州行政區(qū)專員公署改稱蘇南人民行政公署蘇州專員公署，昆山屬蘇州專員公署。1953年1月1日，江蘇省人民政府成立，昆山屬江蘇省蘇州專員公署。1968年3月26日，蘇州專員公署改稱蘇州專區(qū)革命委員會(huì)，1971年4月13日更名蘇州地區(qū)革命委員會(huì)，1978年7月改為蘇州地區(qū)行政公署，昆山均為屬縣。1983年1月18日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)江蘇省實(shí)行市管縣新體制，3月1日撤蘇州地區(qū)行政公署，昆山屬蘇州市。*****昆山撤縣建市迄今。
