春秋末年，巴城屬吳國管轄，位于都城姑蘇的東部。
昆山行政區劃新石器時期，昆山地方已有人類活動。
夏、商時期，地屬揚州。
周時地稱婁邑（見載于清代《昆山縣志》），屬吳國。
戰國吳王夫差二十三年（前473年），越滅吳，地屬越國。楚威王（前339年-前329年）滅越，地屬楚國。
公元前221年，秦統一中國，實行郡縣制，置疁縣，屬會稽郡—— 公元前223年，秦滅楚后在吳、越故地置會稽郡，以吳縣（今蘇州市區）為郡治（首府）。
公元前207年，西漢改疁縣為婁縣。
西漢高祖六年（前201年），婁縣屬荊國。高祖十一年（前196年），荊國除，婁縣屬會稽郡。高祖十二年（前195年），立劉濞為吳王，治荊國舊地，婁縣屬吳國。景帝四年（前153年），吳國廢，立劉非為江都王，治吳國舊地，婁縣屬江都國（見《漢書》、《史記》、《晉書》）。武帝元狩二年（前121年），江都國廢，婁縣屬會稽郡。王莽始建國年間（公元9-13年），婁縣更名婁治，屬會稽郡。
東漢建武十一年（35年），復名婁縣，仍屬會稽郡。永建四年（129年），分會稽郡置吳郡，婁縣屬吳郡。
三國、晉、南朝宋齊，婁縣屬吳郡。
南梁天監六年（507年），分吳郡設信義郡，分婁縣置信義縣，屬信義郡，余下的婁縣仍屬吳郡。
南梁大同三年（536年），婁縣改名昆山縣，改屬信義郡，昆山縣范圍大致與秦疁縣相同。
隋文帝重新統一中國后，開皇九年（5***），廢信義郡、信義縣、昆山縣，兩縣地歸蘇州（此時蘇州已得名）。開皇十八年（598年），復置昆山縣，屬蘇州。大業元年（605年），蘇州改為吳州；大業三年（607年），吳州改為吳郡，昆山均為屬縣。
唐武德四年（621年），吳郡改為蘇州；天寶元年（742年），蘇州復為吳郡；乾元元年（758年），復改吳郡為蘇州，昆山均為屬縣。期間天寶十年（751年）分昆山縣南部、嘉興縣東部、海鹽縣東北部置華亭縣（后松江、上海）。
五代后梁開平元年（907年），封錢镠為吳越王，昆山屬吳越國蘇州。
后唐同光二年（924年），吳越置中吳軍治蘇州，昆山屬蘇州。
北宋太平興國三年（978年），吳越國除，改蘇州為平江軍，昆山屬平江軍。政和三年（1113年），升平江軍為平江府，昆山屬平江府。
南宋嘉定十年十二月（1218年1月），析兩浙西路平江府昆山縣東部春申鄉、臨江鄉、安亭鄉、平樂鄉、醋塘鄉共5鄉，置嘉定縣（以年號為名）。
元至元十三年（1276年），升平江府為平江路，昆山屬平江路。元貞元年（1295年）因戶口增多，升昆山縣為昆山州，仍屬江浙行省平江路。至正十六年（1356年），張士誠取平江路，改稱隆平府，昆山縣屬隆平府。次年，張士誠降元，隆平府復為平江路，昆山州屬平江路。至正二十七年（1367年），平江路改為蘇州府，昆山州屬蘇州府。
明洪武二年（1369年），降昆山州為縣，仍屬蘇州府。
明弘治十年（1497年），析昆山新安、惠安、湖川3鄉建太倉州。余下的昆山縣仍屬蘇州府管轄（其范圍已與今昆山市基本吻合）。
清雍正三年（1725年），分昆山縣西北部置新陽縣，兩縣同城分治。咸豐十年（1860年）四月，太平天國忠王李秀成部將江南文將帥李文炳取昆山、新陽兩縣，為避南王馮云山諱，改昆山名昆珊，兩縣同屬太平天國蘇福省。同治二年（1864年）四月，太平軍退走，復名昆山，與新陽縣同屬蘇州府。
中華民國元年（1912年），昆山、新陽兩縣合并，仍名昆山縣，屬江蘇省上海道。民國3年6月，省改設5道，昆山屬蘇常道。民國16年廢道，直屬江蘇省。民國22年，省設13個行政督察區，昆山屬第三區行政督察專員公署。同年12月，省改設9個行政督察區，昆山屬無錫區督察專員公署。民國24年9月，省改設10個行政督察區，昆山屬第二區行政督察專員公署。民國26年11月15日，日軍占領昆山。民國27年5月，直屬日偽江蘇省政府。民國29年3月，汪偽國民政府在南京成立，昆山直屬偽江蘇省政府。民國34年8月，抗日戰爭勝利，***倒臺。34年9月，昆山屬江蘇省江南行署。34年10月，省撤江南行署，建第二區行政督察專員公署，昆山為屬縣。民國37年4月，省改設9個行政督察區，昆山隸屬不變。
1949年5月13日昆山解放，屬華東軍政委員會蘇南蘇州行政區專員專署。1950年10月14日，蘇南蘇州行政區專員公署改稱蘇南人民行政公署蘇州專員公署，昆山屬蘇州專員公署。1953年1月1日，江蘇省人民政府成立，昆山屬江蘇省蘇州專員公署。1968年3月26日，蘇州專員公署改稱蘇州專區革命委員會，1971年4月13日更名蘇州地區革命委員會，1978年7月改為蘇州地區行政公署，昆山均為屬縣。1983年1月18日，經國務院批準江蘇省實行市管縣新體制，3月1日撤蘇州地區行政公署，昆山縣屬蘇州市。*****國務院批準昆山撤縣建市。
2011年，昆山市被列入江蘇省省直管縣（市）試點，江蘇省委省政府以及省直有關單位直接管理昆山絕大部分事務，但是行政區劃依舊隸屬于蘇州市，昆山市的干部仍然屬于蘇州市管理。
清雍正二年（1724年），分昆山縣置新陽縣，兩縣同城分治。咸豐十年（1860年）四月，太平天國忠王李秀成部將江南文將帥李文炳取昆山、新陽兩縣，改昆山名昆珊，兩縣同屬太平天國蘇福省。同治二年（1863年）四月，太平軍退走，復名昆山，與新陽縣同屬蘇州府。
中華民國元年（1912年），昆山、新陽兩縣合并，仍名昆山縣，屬江蘇省上海道。民國3年6月，省改設5道，昆山屬蘇常道。民國16年廢道，直屬江蘇省。民國22年，省設13個行政督察區，昆山屬第三區行政督察專員公署。同年12月，省改設9個行政督察區，昆山屬無錫區督察專員公署。民國24年9月，省改設10個行政督察區，昆山屬第二區行政督察專員公署。民國26年11月15日，日軍占領昆山。次年5月，直屬日偽江蘇省政府。民國29年3月，汪偽國民政府在南京成立，昆山直屬偽江蘇省政府。民國34年8月，抗日戰爭勝利，***倒臺。9月，昆山屬江蘇省江南行署。10月，省撤江南行署，建第二區行政督察專員公署，昆山為屬縣。民國37年4月，省改設9個行政督察區，昆山隸屬不變。
1949年5月13日昆山解放，屬華東軍政委員會蘇南蘇州行政區專員專署。1950年10月14日，蘇南蘇州行政區專員公署改稱蘇南人民行政公署蘇州專員公署，昆山屬蘇州專員公署。1953年1月1日，江蘇省人民政府成立，昆山屬江蘇省蘇州專員公署。1968年3月26日，蘇州專員公署改稱蘇州專區革命委員會，1971年4月13日更名蘇州地區革命委員會，1978年7月改為蘇州地區行政公署，昆山均為屬縣。1983年1月18日，經國務院批準江蘇省實行市管縣新體制，3月1日撤蘇州地區行政公署，昆山屬蘇州市。*****昆山撤縣建市迄今。
